很多爸媽帶寶寶去接種疫苗時，最擔心的副作用就是發燒了。而這些疫苗當中又以四合一疫苗特別容易發燒。即使目前有許多自費的多合一疫苗(從五合一疫苗到六合一疫苗），這些多合一疫苗主要是將傳統的成份改良，以減低身體不良反應，但發燒仍是無法完全避免的。
曾經有一個注射疫苗例子，寶寶在注射疫苗翌日，發高燒至40℃。因家屬感覺嬰兒在家中眼神呆滯，將他帶至醫院求診並住院治療。住院後醫生先給予抗生素治療，之後小嬰兒的燒就慢慢退了，後來嬰兒的血液培養長出細菌，證實為菌血症，經適當的抗生素療程後，已康復並出院返家。
三個月以下的嬰兒由於有母親抗體的保護，一般而言並不容易發燒。因此，一旦這個年齡層的小嬰兒有發燒情形時，兒科醫生都會小心評估是否有細菌感染的可能，必要時須住院做血液、尿液、甚至腦脊髓液的細菌檢查，並在報告出來前，先給予經驗性的抗生素治療，以免細菌過度繁殖，造成病情迅速惡化。
根據外國的統計數據，打傳統型疫苗發燒至38℃以上的機率高達四成，即使是自費的五合一或六合一疫苗也在百分之七以上；但是傳統疫苗高燒至40℃以上的機率只剩千分之二，而自費疫苗更低至萬分之三。因此，施打疫苗後發燒，年紀越小或是發燒溫度越高，越要考慮疾病的可能性。
雖然發燒是打完疫苗後常見的反應，但若嬰幼兒有高燒不退、精神活力不佳、食慾明顯減退等現象時，仍須帶寶寶給醫生診斷，而非只是一味地用藥退燒，以免寶寶因生病引起發燒卻沒發現而造成延誤。
寶寶不宜接種疫苗的情況 :
1. 急性傳染疾病
如果寶寶處於疾病的急性期或患有急性傳染病，應暫緩接種，以免加重病情。建議完全恢復後一周再行接種。
2. 嚴重皮膚疾病
如寶寶的接種部位有嚴重的皮膚炎、牛皮癬、濕疹及化膿性皮膚病，則應在治癒後再行接種，或諮詢醫護人員。
3. 中樞神經疾病
有中樞神經系統性疾病的寶寶，如大腦功能發育不全、癲癇、抽筋病史、腦炎後遺症等均不宜進行疫苗接種。可預先和醫護人員商討寶寶的問題。
觀察接種後寶寶狀況 :
1. 接種正常症狀
如果寶寶在接種後出現局部紅腫、疼痛、淋巴結腫大、發熱等症狀，但很快就消退，這屬於正常的不適反應。但如果這些症狀如果加重，最好盡快到醫院求醫。
2. 疫苗過敏反應
有些寶寶會對一些疫苗產生過敏反應，皮膚出現疹子、皮膚紅腫甚至休克等症狀，便需尋求醫護人員的協助，找出疫苗致敏成份。下次最好不要再接種相同疫苗。
3. 接種後多休息
寶寶注射疫苗的當天需要多飲水，注意休息，避免去人多擠逼的地方。疫苗接種後建議注意保暖，以免著涼或感染。